E-segregator to funkcjonalność służąca do przechowywania dokumentów księgowych bez konieczności ich drukowania bądź pobierania. Umożliwia łatwy dostęp do dokumentów uporządkowanych na podstawie odpowiednich kategorii.
E-segregator znajduje się w zakładce Finanse/mOrganizer/E-segregator.
Dokumenty systemowe takie jak: deklaracja PIT, PPE, VAT, Rejestry VAT, KPIR, EP, VAT-UE, JPK są automatycznie przenoszone do e-segregatora oraz rozdzielane na odpowiednie zakładki (podział znajduje w dalszej części artykułu) w momencie pełnego zamknięcia miesiąca lub ręcznego zatwierdzania deklaracji.
Po dokonaniu wysyłki pliku JPK_V7, deklaracji VAT-UE oraz VAT-9M, dokumenty UPO przesyłane są do zakładki Nieprzypisane, skąd mogą zostać przeniesione np. do zakładki Deklaracje.
Aby przenieść dokument z jednej kategorii do innej należy skorzystać z przycisku Przenieś, który pojawi się po nakierowaniu kursora na linię dokumentu. Istnieje możliwość przeniesienia wielu dokumentów jednocześnie. W tym celu należy użyć funkcjonalności Zaznacz wiele i kliknąć w akcję Przenieś na dowolnym z zaznaczonych dokumentów.
Po kliknięciu w akcję Przenieś wyświetli się dodatkowe okno z możliwością wyboru, do jakiej kategorii mają zostać przeniesione zaznaczone dokumenty. 
Przykłady dokumentów, które można przechowywać w e-segregatorze z podziałem na kategorie:
- Nieprzypisane - wszystkie dokumenty, które nie zostały skategoryzowane przez Użytkownika oraz dokument UPO
- Ewidencje - zestawienia KPiR, Ewidencje Przychodu, Rejestry VAT
- Deklaracje/ZUS - deklaracje PIT, PPE, VAT, pliki JPK, dokumenty ZUS (ZUS DRA, ZUS ZWUA, ZUS ZUA, ZUS ZZA)
- Korespondencja - wezwanie od Urzędu skarbowego
- Umowy/Potwierdzenia - umowa leasingowa, umowa najmu mieszkania, umowa zlecenie, umowa o dzieło, umowa o pracę, protokół odbioru, oświadczenie o przekazaniu samochodu
- Inne - umowy, aneksy do umów, pozostałe dokumenty
Poprzez akcję Pobierz można pobrać wybrane dokumenty z danej zakładki jednocześnie w pliku .zip. Natomiast w przypadku pobrania jednego dokumentu, zostanie on zapiany na dysku komputera w tej formie, w której został wgrany do INBOX np. pdf., jpg.
E-segregator umożliwia także dodawanie opisów do dokumentów oraz wyszukiwanie dokumentów po opisie. W celu dodania opisu do dokumentu należy nakierować kursorem na kolumnę z opisem przy dokumencie i kliknąć w ikonę ołówka. Opisy w każdym momencie można dowolnie modyfikować.
